Akcja gry dzieję się w Chicago kontrolowanym przez wielki, zaawansowany system komputerowy, który zbiera informacje i sprawuje pieczę nad wszystkim - od sieci komórkowych i świateł na skrzyżowaniach, przez szczegółowe dane o wszystkich obywatelach, ich życiu, poglądach politycznych, wierze, statusie finansowym, po zarządzanie strukturą energetyczną miasta. Wielkie cyfrowe oko zwie się Central Operating System (ctOS) i powstało w roku 2011 jako rodzaj zabezpieczenia przed wszelkimi zagrożeniami, które mogłyby naruszyć status quo miasta i wpłynąć na jego funkcjonowanie. Do powstania ctOS przyczynił się hakerski atak, jakiego w 2003 r. dokonał jeden z niezadowolonych pracowników energetyki, ładując do systemu wirusa, który na kilkanaście godzin pozbawił światła 55 milionów ludzi na wschodnim wybrzeżu USA, wywołując nie tylko panikę, ale i wymierne straty.

Takim i innym wybrykom ma zapobiegać ctOS - jednak wielka władza daje wielkie możliwości. System tak naprawdę kontrolowany jest przez prywatne korporacje, które jego zasoby informacji wykorzystują do własnych celów. Nie tylko odpowiednio i wedle własnych potrzeb kształtują obraz świata w mediach i wydźwięk podawanej tłumom papki medialnej, ale wykorzystują także dane o obywatelach przeciwko nim samym. Na szczęście w kontrolowanych społecznościach zawsze znajdzie się jakiś buntownik - i tu na scenę wkracza Aiden Pearce, główny bohater Watch Dogs. To poszukiwany przez policję, utalentowany haker, który ma obsesję na punkcie wszechobecnej inwigilacji - w przeszłości ucierpieli z tego powodu jego bliscy, więc Aiden wypowiedział systemowi prywatną wojnę. Jego głównym orężem w tej walce jest Profiler - narzędzie w rodzaju smartfona, dzięki któremu ma dostęp do pełnych zasobów ctOS, w tym kompletnych informacji personalnych obywateli Chicago.

Watch Dogs to sandboks, w którym kontrolując postać w TPP, mamy dostęp do całego miasta, a dzięki Profilerowi także nieograniczone możliwości ingerencji w jego cyfrowe struktury i każdy elektroniczny gadżet wpięty do miejskiej sieci. Bohater potrafi podsłuchać każdego cywila, zrywać połączenia, uzyskać dane interesujących go osób osób, zagłuszył sieć komórkową, namierzyć cel przy pomocy kamer miejskich, przełączać światła na skrzyżowaniu a nawet kontrolować mosty zwodzone. Bez trudu też wspina się po budynkach, a zdobywanie wyższych kondygnacji nie stanowi dla niego problemu. W grze nie zabrakło efektownych walk (pojedynki w bliskim dystansie jak i z wykorzystaniem broni palnej) oraz możliwości kradzieży aut. Te ostatnie prowadzą do starć z policją. W rogu ekranu cały czas widoczna jest mapka niczym w GTA, z nakreślonym polem widzenia radiowozów, z którego możemy się oczywiście wyrwać lawirując po ulicach miasta.